Il Ministro generale dell’Ordine, Giulio Magnani (1553-1559) in una sua visita al convento fatta nel 1554, concesse agli Ennesi l’ambito privilegio di essere computati tra i figli spirituali dell’Ordine. 

Nel 1556 i Conventuali Riformati ottennero la chiesetta di S. Maria della Misericordia, o della Concordia, che per la soppressione del 1628 di tale ramo dell’Ordine, passò alla comunità del Convento di san Francesco; ma già prima del 1644 i frati non vi officiavano più. 

Nel sec. XVII il Convento ospitava un seminario per i giovani aspiranti all’Ordine. Nel 1834 vengono assegnati a questo convento, secondo le norme allora vigenti, sei Baccellieri studenti di Dogmatica e Morale sotto la direzione del Reggente P. Salvatore Pelligra, che più tardi fu anche Definitore generale, Procuratore generale delle Missioni e Reggente del collegio di S. Bonaventura in Roma. 

La chiesa venne abbellita lungo i secoli: l’ultima innovazione che i frati vi apportarono fu l’ornamentazione del cappellone nel 1846.

Ma appena venti anni dopo, nel 1866, il convento venne soppresso, così come tutti gli ordini religiosi in Italia, affinché i beni fossero incamerati dal nascente Stato unitario. I frati poterono ritornare solo nel 1941 ottenendo dal Comune di poter risiedere in un angusto locale all’interno dell’antico chiostro, il cui camminamento venne murato già nel 1700 a seguito del grande terremoto del Val di Noto del 1693 che risparmiò la città di Enna, ma che avrebbe potuto ripetersi causando i disastri che colpirono la Sicilia sud-orientale. 

Nel 1976, ad opera del p. Salvatore D’Antona si ottenne dallo Stato una porzione dell’antico convento adibito a Procura e uffici annessi, e dove oggi abitano i religiosi. Allo stesso p. Salvatore si deve l’utilizzo a cappella dell’antico rifugio antiaereo ricavato nel sottosuolo della chiesa durante il secondo conflitto mondiale del secolo scorso.